培養具有健康維持及預防、治療觀理念之藥學專業人才。
建立本系學生融貫中西醫藥及預防醫療的「統合醫療」的知識與專業能力，以培育學生成爲符合現代社會藥事需求之專業人才。
日本藥科大學的藥學系包括健康藥學、漢方藥學、醫療藥學之藥學專業課程，以培育學生成爲具有預防、保健及醫療知識與專業能力之藥師，使學生成爲符合現代社會藥事需求之專業人才。此外，教育方針爲教導學生在醫療的環境中與醫師、藥師、護理士、營養師等專業人們的相互配合，提供優質醫療服務的「醫療團隊」的概念。因此導入小組案例討論 (SGD) 課程進行教學，以增強學生的溝通能力。
〈課程特色〉
健康藥學課程: 培養可提供現代人健康照護的高度專業知識之藥劑師
漢方藥學課程: 培養融貫傳統及現代最新醫藥之專業人才
醫療藥學課程: 臨床知識之建立，以培養臨床小組醫療需求之專業人才
本校特色有其它學校所沒有的教學輔助系統，如新生入學前學習、新生基礎學力測驗、1-3年級之藥學演習等。以及針對不同學生的個別教育課程、提問室等更爲專一的教學輔助措施。對於1年級的學生，教學內容爲化學、生物、數學，徹底提升學生的基礎學力。高學級學生，包含藥學綜合演習，計算機化測驗 (Computer- Based Testing, CBT），提供藥師考試所需要的各種學習資源。
此外，本系由班主任負責課程及生活的安排，必要時與學生父母面談，與父母、學生共同解決遭遇的困難及問題。
