培养具有健康维持及预防、治疗观理念之药学专业人才。
建立本系学生融贯中西医药及预防医疗的「统合医疗」的知识与专业能力，以培育学生成为符合现代社会药事需求之专业人才。
日本药科大学的药学系包括健康药学、汉方药学、医疗药学之药学专业课程，以培育学生成为具有预防、保健及医疗知识与专业能力之药师，使学生成为符合现代社会药事需求之专业人才。此外，教育方针为教导学生在医疗的环境中与医师、药师、护理士、营养师等专业人们的相互配合，提供优质医疗服务的「医疗团队」的概念。因此导入小组案例讨论 (SGD) 课程进行教学，以增强学生的沟通能力。
〈课程特色〉
健康药学课程: 培养可提供现代人健康照护的高度专业知识之药剂师
汉方药学课程: 培养融贯传统及现代最新医药之专业人才
医疗药学课程: 临床知识之建立，以培养临床小组医疗需求之专业人才
本校特色有其它学校所没有的教学辅助系统，如新生入学前学习、新生基础学力测验、1-3年级之药学演习等。以及针对不同学生的个别教育课程、提问室等更为专一的教学辅助措施。对于1年级的学生，教学内容为化学、生物、数学，彻底提升学生的基础学力。高学级学生，包含药学综合演习，计算机化测验 (Computer- Based Testing, CBT），提供药师考试所需要的各种学习资源。
此外，本系由班主任负责课程及生活的安排，必要时与学生父母面谈，与父母、学生共同解决遭遇的困难及问题。
